Criada em 1989 como Prefeitura do Campus Administrativo de Pirassununga, passando a ser designada com a nomenclatura de Coordenadoria do Campus a partir de março de 2009 e como Prefeitura do Campus USP de Pirassununga após fevereiro de 2012. Dia 17/10/2015 foi publicada no DOE a alteração do nome para Prefeitura do Campus Fernado Costa, retificada dia 05/11/2015 para Prefeitura do Campus USP “Fernando Costa”.
Teve como Administradores:
1989 a 1993 – Prof. Dr. Pedro Eduardo de Felício
1994 a 1998 – Prof. Dr. Sinval Silveira Neto
1998 a 2000 – Prof. Dr. Edison Schalch
2000 a 2002 – Prof. Dr. Ricardo de Albuquerque
2002 a 2006 – Prof. Dr. Marcus Antonio Zanetti
2006 a 2014 – Prof. Dr. Marcelo Machado De Luca de Oliveira Ribeiro
2014 a 2018 – Prof. Dr. Flávio Vieira Meirelles
A partir de 11/05/2018:
 Prof. Dr. Arlindo Saran NettoPrefeito do Campus  |  Prof. Dr. João Adriano RossignoloVice-Prefeito |
Resolução 8583 de 28/02/2024 e publicado no DOE de 29/02/2024.
